臭氧在医疗上的应用分两个方面：消毒领域和治疗疾病。日本在将臭氧水用于手术前器械及手的消毒方面已取得显著进展。我国有些厂家曾向医院推广臭氧消毒器，采用臭氧气消毒，由于产品寿命短，不很成功。
臭氧疗法本世纪四十年代起源于德国，八十年代在古巴得到政府支持。现在，在古巴、德国、俄罗斯、美国、意大利等国，臭氧已被广泛应用于治疗各种疾病。如：在古巴，臭氧已在日常医疗中普遍应用；在德国，约有8000多医院或诊所采用臭氧疗法；美国各州均有臭氧诊所。目前，臭氧疗法已发展到十余种，如血液输氧、肌肉注射、自血回输、直肠吹入、吸氧、臭氧浴等，可以治疗哮喘、爱滋病、过敏、关节炎、血液病、肝硬化、青光眼、骨髓炎、帕金森病、老年痴呆、血栓、口腔炎及各类溃疡等几十种疾病。
臭氧水对糖尿病的功效如何？
    由于内分泌系统的胰岛素失调，无法代谢体内糖份。因血糖含量的不正常，使器官组织受损，于是就会发生各种机能性的疾病：如神经性的症状、视力障碍、肾脏病变、血管病变、尿毒、动脉硬化、心肌梗塞、脑血栓、皮肤病变等等。
    臭氧水具有血液净化、解毒、利尿等功能，糖尿病患者每日饮用，可借臭氧的活化功能，使血液中的葡萄糖及氧气与酸素的作用转化为能量，并可借臭氧的净化功能使肾脏机能逐渐恢复，以进行正常的过滤功能及排泄作用。
    糖尿病为终身且需要调养的疾病，饮食不便且保健非常麻烦。若以臭氧水代替日常饮料，则在臭氧水的功能维护下，对饮食及药物的控制将可酌情放宽，可以减少生活的诸多不便与苦恼。
臭氧疗法治疗蛀牙、虫牙
    通常治疗“蛀牙”方法是，牙科医生先用激光，找出牙齿内部的腐坏部位。然后用钻头在蛀牙上打孔，钻出一条通道。接着用刮、擦等方式将腐坏部位清理干净，最后再用填充物将牙齿的空洞填满。这样不仅费时费力，而且也会给患者带来很大的痛苦。现在的臭氧治疗法就要好得多。医生直接将臭氧气体喷到蛀牙上，这样便可以直接杀死绝大部分导致蛀牙的细菌，还可以有助于牙齿的再生。对于儿童而言，这种新方法还具有预防蛀牙的作用。
    据专家介绍，这种臭氧方法只需几秒钟，就能够杀死蛀牙上99%的有害微生物组织。而仪器上装配的吸力帽和恢复装置，也能够保证治疗时不会有气体漏入患者嘴中。在臭氧治疗后，蛀牙已经被清理干净。患者既可以选择加入填充物，也可以不加，都不会有多大影响。
    这种臭氧治疗法，不仅治疗效果良好，而且还十分快速。以往在治疗蛀牙时，光是对一颗牙齿的钻孔、填充就要花上最少半个小时的时间，而臭氧治疗时，喷涂一颗牙只需不到一分钟的时间就能完成。
    这个新方法是由英国北爱尔兰的贝尔法斯特皇后大学研究的。现在，许多牙医已经开始采用这种高效、无痛的臭氧治疗法了。